固始县中医院成立于1952年7月，原名固始县中医联合诊所，地点位于固始县城关中山大街西段路南，由县政府拨给房屋18间（约250平方米）作为诊疗场所。医院初建时有工作人员11人，开展中医内、外、妇、儿、针灸推拿等医疗业务。
1953年“固始县中医联合诊所”更名为“固始县城关联合医院”；
1956年，经县人民政府批准，正式成立“固始县中医院”；
1958年秋，撤销县中医院，部分人员并入原县红十字会医院，部分人员调入城郊公社医院；
1962年11月，经县人民政府批准，重建固始县中医院；
1968年10月，中医院并入县人民卫生防治院；
1979年3月，经县革委会批准，恢复县中医院建制，体制为全民所有制单位，地址设在固始县城东关七株巷（原县人民医院旧址的东半部分）。
1997年，县中医院被省中医管理局批准为二级甲等中医院。
1999年8月，县中医院搬迁至古城路102号，原文昌街院址继续保留为东关院区。
2009年，国家县级医院专项建设项目启动，在县委、县政府和原卫生局党委的不懈努力下，经省发改委、省财政厅、省卫生厅批准，固始县中医院异地新建项目于同年9月正式开工建设
2013年10月正式建成完工
2014年1月正式投入运行
2020年12月被县卫健委批准为三级中医（综合）医院
